NCBI下载原始测程序数据
提示：无论GEO还是SRA数据库，最终每个原始数据都会有一个唯一的SRR编号。
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下载方式
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A. 直接官网点击下载：
单个下载。
简单粗暴，但是有的文件比较大，官网不支持直接下载，推荐使用sratools进行下载。
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B. 直接使用ftp或者wget命令下载：
可以批量下载。
不建议，不支持断点，下载速度非常慢，有时候速度还不如直接官网下载。
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C. 使用官方推荐的sratools工具进行下载：
可以批量下载。
虽然网上有很多相关方案，但是......，一用一个不吱声。
下载安装软件后，整理需要下载数据的SRA号，然后使用prefetch命令可批量下载，下载完得到的文件需要进行拆分，才能得到常见的fastq.gz文件。
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D. 使用Aspera软件进行下载：
可以批量下载。
熟悉使用Aspeara的可以优先试一下这个，不行再用后面的FileZilla。
支持断点，速度快，但是.....，国家网关进出口管得严时候，很可能连接不上数据库；
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E. 使用FileZilla软件进行下载：
单个下载。
支持断点，速度中规中矩，但是目前链接最为稳定，操作也比较简单。小白优选！！！
个人认为最为稳妥的下载方式排序：E>D>A>B>C
下面以FileZilla软件进行下载为例。
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下载软件FileZilla
官网：https://filezilla-project.org/
下载地址：https://filezilla-project.org/download.php?type=client
多种操作系统供选择下载，然后按照需要安装在指定位置或者一键ok到底。
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连接NCBI服务器
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FileZilla软件面板简介
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链接NCBI服务器
NCBI原始数据存放主机IP地址是：ftp.sra.ebi.ac.uk
连接后得到下面类似界面：
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整理需下载数据SRR号
比如文章中给了原始测序数据的项目编号（比如项目编号PRJNA612527；GEO: GSE146970），直接NCBI搜索（两个编号都是，随便用其中一个），示例如下：
搜索得到下面界面：
然后点击下面图中位置进入样本界面：
点击一个你想要下载的样本名进去，以第一个为例，跟着点点点就能得到SRR_ID：
然后如法炮制，将需要下载原始数据的SRR编号整理成如下示例：
| Sample | Group | SRR_ID |
| sample_1 | A | SRR11305685 |
| sample_2 | A | SRR11305686 |
| sample_3 | A | SRR11305687 |
| sample_4 | B | SRR11305688 |
| sample_5 | B | SRR11305689 |
| sample_6 | B | SRR11305690 |
注：第一列是样本名称，第二列是样本分组；第三列是样本原始数据的SRR号。
将SRR号进行拆分和补齐文件路径，弄成如下样式获得每个原始数据的远程站点：
/vol1/fastq/SRR113/085/SRR11305685/
/vol1/fastq/SRR113/086/SRR11305686/
/vol1/fastq/SRR113/087/SRR11305687/
/vol1/fastq/SRR113/088/SRR11305688/
/vol1/fastq/SRR113/089/SRR11305689/
/vol1/fastq/SRR113/090/SRR11305690/
注：
如果示例样本编号为SRR+8位数，拆分方式：SRR+前三位数字/0+最后两位数字/SRR编号/。原始数据所在远程站点位置即：/vol1/fastq/SRR+前三位数字/0+最后两位数字/SRR编号/。
如果样本编号为SRR+7位数，拆分方式：SRR+前三位数字/00+最后一位数字/SRR编号/。原始数据所在远程站点位置即：/vol1/fastq/SRR+前三位数字/00+最后一位数字/SRR编号/。
如果样本编号为SRR+6位数，拆分方式：SRR+前三位数字/SRR编号/。原始数据所在远程站点位置即：/vol1/fastq/SRR+前三位数字/SRR编号/。
下载原始数据
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回到FileZilla软件
你可能会发现下面图中位置显示连接中断：
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解决服务器链接断开问题
连接NCBI数据存放数据服务器后，有一段时间没有进行任何操作（包括没有下载数据在下载等行为），服务器会自动断开链接，这个时候直接点一下快速链接就好了。
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进入目标站点
第3.4章节“3.4远程站点整理”已经获得了每个原始数据的远程站点位置，以样本SRR11305685为例，远程站点是：/vol1/fastq/SRR113/085/SRR11305685/，将该远程站点粘贴到下图位置，然后键盘回车一下：
然后得到类似下面界面：
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数据下载
用鼠标拖完一个需要下载的样本原始数据后，可以直接将另一个远程站点的信息如法炮制粘贴进去，将需要下载文件拖到想要保存的本地位置，进行同时下载，远程站点之间数据可以同时下载。
一般只要网络稳定，下载是不会被中断的，即使中断了也可通过下面标记位置进行查看原因，然后继续进行续传:
好了，到这里就告一段落了，有需要补充的或者有更好方法的小伙伴call me，希望能帮助到更多的科研小伙伴！
转载自 CSDN-专业IT技术社区
原文链接：https://blog.csdn.net/weixin_62054183/article/details/151117375
